比叡山観光の拠点となるJR比叡山坂本駅は、JR湖西線の快速・普通・新快速がすべて停車する主要駅です。関西の主要ターミナルである京都駅からの所要時間は、新快速を利用するとわずか約14分、普通列車でも約17〜20分で到着します。片道運賃は330円と非常にリーズナブルです。
JR湖西線のダイヤは日中時間帯、新快速と普通列車がそれぞれ1時間に1〜2本程度運行されています。日中の京都方面・敦賀方面ともに新快速を使えば移動時間を大幅に短縮できます。かつて比良おろしなどの強風による運転見合わせが懸念された湖西線ですが、防風柵の設置工事や運行管理体制の強化が進み、近年は安定した運行が維持されています。