土日祝日やゴールデンウィーク、お盆休みなどの連休期間中は、入園ゲート前の券売窓口に長い列が形成されます。特に午前11時から午後14時頃にかけて館内の混雑がピークを迎えます。
混雑をスマートに回避する最大の鉄則は、公式チケットサイト等を通じてオンライン前売券（QRチケット）を事前に手元に用意しておくことです。事前購入を済ませておけば、現地で当日券購入列に並ぶことなく、専用レーンからスムーズにダイレクト入場できます。
当日の見学ルートとしては、エスカレーターを降りてすぐの「世界の海」ゾーンが最も滞留しやすいため、あえて奥のペンギン展示や渚の生物エリアを先に見学し、15時以降の落ち着いた時間帯にクロマグロ水槽へ戻る逆張りルートが非常に効果的です。
