『平成教育委員会』のレギュラー放送は、大ヒットの最中であった1997年9月に約6年の歴史にピリオドを打ちました。一般的にバラエティ番組の終了は視聴率の低迷が原因となるケースが大半ですが、本作における平成教育委員会の終了理由は全く異なる事情によるものでした。
最大の要因は、メインMCを務めるビートたけしの過密スケジュールと、番組自体のプレミアム価値を高める制作方針へのシフトです。当時、映画監督としての世界的な評価(1997年『HANA-BI』でヴェネツィア国際映画祭金獅子賞を受賞)をはじめ、多方面で多忙を極めていたたけしの負担を考慮しつつ、毎週の放送で問題のクオリティが希薄化することを防ぐため、フジテレビは「改編期やお正月に放送する大型特番」への移行を決断しました。
高視聴率を維持したままレギュラーを終え、年に数回の復活特番として集中投下するスタイルへ切り替えたことで、番組は2000年代以降も長きにわたり特別なイベント番組としてのブランド力を保ち続ける結果となりました。