園部小学校を卒業した児童の大多数は、そのまま南丹市立園部中学校へ進学します。同じ校区・生活圏内での進学となるため、幼なじみとともに安心して中学校生活をスタートできる点が大きな安心材料です。
園部小と園部中の間では「小中一貫連携」の取り組みが進められており、中学校の教員が小学校に出前授業を行ったり、合同研修会で指導方針をすり合わせたりしています。いわゆる「中1ギャップ（進学時の環境変化によるストレスや学力不振）」を最小限に抑える体制が整っていることは、保護者にとっても心強いポイントです。
部活動の見学や合同あいさつ運動など、小学校在学中から中学校の先輩や校舎の雰囲気に触れる機会が豊富に用意されています。
