寛永9年（1632年）、高虎の没後に藤堂家の領地再編が行われ、高吉は伊予今治から伊賀国名張へと移封されます。ここで高吉を祖とする名張藤堂家が正式に成立しました。
高吉が拠点とした名張陣屋（現在の三重県名張市）の領内には、2万石という大名級の寺禄が与えられました。公式な格式としては津藩の重臣（一門家老）という扱いでしたが、実質的には独自の家臣団と行政組織を持つ「城主格」の独立した領邦でした。
この特異な立ち位置は、津藩本家との間に長年にわたる微妙な緊張関係を生み出します。名張藤堂家は「元は高虎公の嫡男筋であり、織田・丹羽の名門の末裔である」という強いプライドを持ち続け、本家側は彼らの独立志向を警戒し、統制を強めようと試みました。この軋轢は後年、江戸中期に起きる「名張騒動」などの政治的確執へと発展していくことになります。
